被告人第3集：朴政宇发现小黑屋秘密决定查清真相分集剧情
朴政宇对车善浩的事不肯放手，在他捡到车善浩的身份证之后，发现身份证上的指纹与车敏浩的相符，所以认为是国搜科使了手段，让人误以为死去的人就是车敏浩。朴政宇重新申请了搜捕令，带着队员去抓车善浩，并将所有组员的手机给缴了，生怕逮捕不成功。
车善浩提前接到了电话，得知朴政宇带人去逮捕他，要重新确认指纹，所以他便想马上躲起来。朴政宇在车铭化学那里找到了车善浩，车善浩为了不让朴政宇将他逮捕回去确认指纹，不得不将手用蒸气烫伤，使得朴政宇没办法带他去核对指纹。车善浩烫伤了手，非常得意地在朴政宇耳边叫嚣，承认他就是车敏浩。
朴政宇拿着车善浩的录音，召集了记者，想让媒体爆料现在的车善浩是车敏浩假扮的，可没想到记者迟迟未等到朴政宇，却等到了另一个惊天大案的内幕。网上爆料，朴政宇是杀害妻子女儿的凶手，让所有媒体纷纷赶去报道这个大新闻。
徐恩惠去找当日审问朴政宇的吴钟民警官，从他那里了解朴政宇承认杀人时的经过，然后去找朴政宇现场杀人取证的视频，结果发现根本没有这个视频。徐恩惠找朋友拿到了视频，结果在视频中让她发现了一个细节，看出去现场取证的人并不是真的朴政宇，而是姜俊赫找人冒充的。
徐恩惠去找姜俊赫，直指现场取证的人是冒充朴政宇的，但姜俊赫不肯承认，徐恩惠只好当场演示取证视频中取证人的别扭状况，逼得姜俊赫不得不承认徐恩惠所说的。确认取证视频有假，徐恩惠便带着委托协议去找朴政宇，让他签字同意。
朴政宇不肯在协议上签字，他认为自己已经不需要律师了，因为无论做什么也改变不了什么。朴政宇声称，如果判刑能让他恢复记忆，他愿意接受判刑，他只求自己能够恢复记忆。朴政宇没有签字，徐恩惠正准备离去之时，突然发现给朴政宇签字的笔芯不见了，于是马上通知狱警朴政宇身上有危险物品。
正当朴政宇被带回牢房进行搜身检查之时，上级通知朴政宇身上有危险物品，朴政宇只好反抗借机逃走。朴政宇逃走之时，正好遇上车善浩想来牢里确认朴政宇是否恢复记忆，所以朴政宇便挟持了车善浩，逼狱警放他回家。朴政宇与狱警僵持不下之时，尹泰秀出现，让朴政宇被惊住了，这才让朴政宇被带回了单间禁闭。
朴政宇决定放弃抗诉接受审判，可当他冷静下来被带出小黑屋去见姜俊赫的时候，偶然间看到他以前被关小黑屋时刻下的“朴奉九”三个字。朴政宇准备按下手印，放弃抗诉之时，突然想要查明真相，想知道为什么妻子女儿都死了，而他却还活着，所以不肯按手印。
朴政宇想知道自己来来回回进出小黑屋，不知道自己进了监狱多长时间，于是向同牢房的狱友打听了起来。狱友将自己记录的朴政宇的情况画上了红圈并标注了日期，朴政宇看了上面的记载，了解到狱长和保安科长对他非常的讨厌，而他也是在被狱长他们带走后，在一审判决的时候失去了记忆。
为了查明真相，朴政宇只得想办法再进小黑屋去看一看，所以故意在活动时打了别的狱友。朴政宇如愿被关进了小黑屋，可他想去的那间刻字小黑屋却已经关进了申铁植，他想让申铁植帮他看地板上的字，却无意间让申铁植知道要帮忙的是他朴政宇，所以拒绝帮他的忙。
