时值大正十二年，东京的夜晚，那些将会出现。他们是潜藏在黑暗中，啜饮人类鲜血的吸血鬼，在更久远的时代就隐身寓居在这个世界。陆军外部创设了第十六特务队来管理他们，通称「零机关」。
这个部队是中岛中将为了统一近代化列强诸国的情报战而创设，但眼下零机关的义务，是对应隐藏在东京的吸血鬼事情。被分配到此项义务的是──最强者类的前田义信大佐，国际等级最高的吸血鬼且机关新人栗栖秀太郎，智力是规格外的山上德一，从江户时代就存在至今的须和（暂译，原文スワ），喜欢未衰老大脑的疯狂迷信家竹内（暂译，原文タケウチ）。
──以上，是零机关实行部队的成员。
不时添加的吸血鬼们，暗中举动的影子，微妙人工血液的存在，冷眼静观这些事态的是，虽然年龄逾越300岁，外表却与小孩无异的S等级吸血鬼戴夫罗特（暂译，原文デフロット）。
零机关昔日，穿越于大正浪漫的夜晚之中。